בנוסף לחומרים מזיקים, יש בביוב אינספור חיידקים ווירוסים. לכן, נעשה שימוש נרחב בחיטוי כלור כדי להרוג חיידקים ווירוסים במים בשלב הקולחים של מי ברז וטיהור שפכים.
בטיפול במי קירור במחזור תעשייתי, נעשה שימוש בכלור גם לעיקור והסרת אצות. בתהליך סירקולציית המים הקירור, עקב אידוי חלק מהמים, מתרכזים אבות המזון במים, וחיידקים ומיקרואורגניזמים אחרים יתרבו בכמויות גדולות ויצרו בקלות לכלוך רפש. יותר מדי לכלוך רפש יוביל לחסימת צנרת ולקורוזיה.
הכלור כרוך בדרך כלל בהזרקת כלור למים כדי להרוג חיידקים ומיקרואורגניזמים אחרים, בדרך כלל בכלור בבקבוקים.
על מנת לשמור על השפעת החיידקים, יש לשמור את שאריות הכלור תמיד ב-{{0}}.5 ~ 1mg/L במים המוזרמים ובקצה רשת אספקת המים ב-0 .05 ~ 0.1 מ"ג/ליטר.