בתחום הטיפול במים, תפקידם של חומרי הפוליאקרילאמיד בא לידי ביטוי בעיקר בשקיעה, ציפה והתייבשות בוצה בשימוש באתר.
כאשר משתמשים בהם לשקיעה או לציפה, יש צורך להקפיד על גובה מיכל השקיעה (או חומר מרחף במיכל הציפה), קצב תגובה, קצב שיקוע (או קצב צף) ובהירות הקולחים.
כשמשתמשים בשימוש לייבוש בוצה, יש צורך להקפיד לא רק על קצב התגובה ובהירות הקולחים, אלא גם על גודל הבוץ, גודל הפלוקולנטים ותכולת המים של הבוץ. טכניקות עיבוד ותנאי הפעלה שונים ישפיעו על השימוש וההשפעה של המוצר.