שמירה על ניקיון הבריכה חיונית למניעת התפשטות מחלות, הימנעות מתאונות ומניעת זיהומים. מומלץ לבצע ניקוי מקיף של הבריכה לפחות פעם בשבוע, במיוחד בעונות של שימוש תכוף. ניקוי רגיל כולל לא רק שטיפת כדורי המסנן אלא גם בדיקת איכות המים, ניקוי קירות הבריכה והרצפת, וציוד נוסף כמו משאבות ומערכות סינון.