עקרון החיטוי של נתרן היפוכלוריט כולל בעיקר שלושה היבטים:
חומצה תת-כלורית נוצרת באמצעות הידרוליזה, וחומצה תת-כלורית מתפרקת עוד יותר ליצירת חמצן אקולוגי חדש. תכונת החמצון החזקה של חמצן אקולוגי חדש פוגעת בחומרים כמו חלבונים על חיידקים ווירוסים, ובכך הורגת מיקרואורגניזמים פתוגניים.
חומצה היפוכלורית יכולה לחדור לתוך חיידקים (וירוסים) ולהגיב עם פולימרים אורגניים כגון חלבונים חיידקיים (ויראליים), חומצות גרעין ואנזימים, ובכך להרוג מיקרואורגניזמים פתוגניים.
יוני הכלוריד המיוצרים על ידי חומצה תת-כלורית יכולים לשנות באופן משמעותי את הלחץ האוסמוטי של חיידקים ווירוסים, ולגרום לתאים שלהם לאבד פעילות ולמות.