סידן היפוכלוריט הוא כלור יעיל ביותר-המכיל חומר חיטוי וביוציד.
הוא נמצא בשימוש נרחב בטיהור מי שתייה, טיפול בשפכים וחיטוי מי בריכת שחייה. ניתן ליישם אותו גם לעיקור והלבנה בסביבות עיבוד מזון, שטחים ציבוריים וגידול בעלי חיים, ומשמש כחומר הלבנה וחומר מחמצן בתעשייה.
עם יעילות קוטל חיידקים חזקה ויציבות טובה, הוא הפך לכימיקל נפוץ בטיפול במים ותברואה ומניעת מגיפות.